县域属水网地区，湖河沟渠众多，水面面积占总面积30.1%，水生动植物资源十分丰富，水禽（鹅、鸭）饲养具有得天独厚的条件。特种水产品有大银鱼、淡水小龙虾（克氏原螯虾）、河蚬、螃蟹、甲鱼、黄鳝、泥鳅、青虾、鳜鱼、白鱼等，产量占淮安市一半以上；金湖小白鹅久负盛名，高邮麻鸭为省推广良种；荷藕、菱角、芡实、蒌蒿、双黄鸭蛋是金湖名产。金湖土地肥沃，绝大部分为湖积土壤，盛产稻麦，是全国商品粮生产基地之一、平原绿化先进县，素有“鱼米之乡”“禽蛋之乡”“中国荷花之都”“苏北小江南”之誉。金湖还是国家南方重要原油生产基地，境内金湖凹陷、三河凹陷等特殊地质构造，地下蕴藏石油资源，20世纪70年代中期开始开采。至2022年底，采油二厂苏北盆地辖区探明含油面积145.49平方千米，探明地质储量1.39亿吨。动用含油面积123.68平方千米，动用储量1.22亿吨，水驱储量1.05亿吨，可采储量2407.51万吨，标定采收率19.8%。